RSUP Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo sebagai rumah sakit pengampu regional layanan prioritas Respirasi dan Tuberkulosis bertugas melakukan pelayanan penyakit/ kasus respirasi dan tuberkulosis dengan komorbid, Pelayanan intervensional paru madya, gawat darurat respirasi, pembedahan toraks, rehabilitasi respirasi, layanan penyakit paru akibat kerja dan lingkungan, diagnostik mikrobiologi, perawatan intensif pernapasan isolasi, pneumonia , layanan berhenti merokok, deteksi dini dan diagnostik serta terapi sistemik onkologi toraks, diagnostik dan terapi penyakit paru interstisial dan gangguan imun, diagnostik dan terapi asma-penyakit paru obstruksi kronik.
Jumlah rumah sakit yang diampu oleh RSCM untuk layanan prioritas Respirasi dan Tuberkulosis sebanyak 5 rumah sakit.

